Para compilar seus projetos no NetBeans que utilizam OpenCV, é necessário realizar o seguinte procedimento:
Clique com o botão direito sobre o seu projeto e selecione Propriedades
Em Compilador C++, adicione
/usr/local/include/opencv
/usr/local/include/opencv2
Ainda na janela de Propriedades, selecione Vinculador e acrescente em Bibliotecas a seguinte linha
`pkg-config –libs opencv`
Agora, para ativar o recurso de autocompletar com os métodos do OpenCV, vá em Ferramentas > Opções e selecione a guia C/C++. Na subguia Assistência a Códigos, selecione Compilador C++ e adicione as seguintes linhas
/usr/local/include/opencv
/usr/local/include/opencv2
E voilà!
Nota: testado no NetBeans 7.1.2, Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot)